Molekulare Analytik

DNA/RNA-Extraktion

Sinsoma bietet eine Vielzahl von Extraktionsverfahren an, um aus verschiedensten Probentypen hochqualitative DNA und RNA zu gewinnen.

Alle Extraktionen werden in einem Reinraumlabor durchgeführt, um Kontaminationen ausschließen zu können und höchste Qualität zu garantieren.

Diagnostische PCR

Mittels der diagnostischen PCR lassen sich auch geringste Mengen an DNA und RNA detektieren. Die diagnostische PCR basiert auf der Verwendung spezifischer Sonden, welche nur dann an die DNA binden, wenn in der Probe DNA genau dieser Art vorhanden ist. Je nach Fragestellung setzen wir entweder Kapillar-Elektrophorese-PCR, quantitative PCR oder Droplet Digital PCR ein, um Proben zu untersuchen. Alle von uns angewandten diagnostischen Ansätze sind hinsichtlich ihrer Spezifität und Sensitivität optimiert.

Quantitative PCR

Sinsoma bietet drei verscheidene PCR-Verfahren zur Quantifizierung von DNA/RNA an, womit wir unseren Kunden eine optimale Lösung für ihre Fragestellung anbieten können.

Droplet Digital™ PCR

Dabei handelt sich um eine neue, automatisierte Methode der absoluten DNA-Quantifizierung. Gegenüber herkömmlichen Verfahren wie der qPCR hat die ddPCR™ unter anderem den Vorteil, dass die Quantifizierung absolut erfolgt und somit keine Standardkurven als Vergleich benötigt werden. Insbesondere bei geringen DNA-Mengen, welche oft in Umweltproben zu finden sind, erweist sie sich als äußerst robust und zuverlässig.

Quantitative PCR (qPCR)

Bei dieser auch als Real-Time PCR (RT-PCR) bezeichneten Methode handelt es sich um ein Verfahren, bei welchem neben der Vervielfältigung  auch die Quantifizierung von DNA-Abschnitten stattfindet. Dabei wird die Zunahme der gewonnenen DNA-Moleküle im Zuge der Reaktion mittels Fluoreszenzmessungen erhoben. Die Erhebung der DNA-Menge erfolgt in der exponentiellen Phase, also in jenem Zeitraum der PCR, in dem optimale Reaktionsbedingungen herrschen. Eine Quantifizierung erfolgt anhand des Abgleichs mit internen Kontrollen.

Kapillarelektrophorese-PCR (celPCR)

Der Einsatz von celPCR erlaubt es den DNA/RNA-Gehalt bestimmter Arten zu bestimmen, indem die Menge an PCR-Produkt gemessen wird. Damit können Proben bezüglich ihres relativen DNA/RNA-Gehaltes verglichen werden.

DNA Barcoding

Ähnlich wie die Erkennung von Produkten durch Einscannen des Strichcodes an der Kassa, erfolgt die Bestimmung einer Art bei dieser Methode anhand von ausgewählten DNA-Abschnitten. Diese sogenannten DNA-Barcodes sind für eine bestimmte Art charakteristisch und erlauben so durch Vergleich mit einer Referenzdatenbank die Bestimmung der unbekannten Probe. Die DNA wird dabei üblicherweise aus einer Gewebeprobe extrahiert, anschließend die Barcode DNA Sequenz generiert und mit einer großen Datenbank abgeglichen. Die Analyse mittels DNA-Barcoding ermöglicht eine rasche und zuverlässige Artbestimmung von vielen Tieren, Pflanzen und Pilzen.

1. Isolation der DNA aus Ihrer Probe.
2. Vervielfältigen eines bestimmten Genabschnitts (DNA Barcode) mittels allgemeiner oder speziell von uns entwickelter Sonden.
3. Bearbeiten und Lesen der DNA Sequenz mit anschließendem Abgleich mit Referenzdatenbanken zur Artidentifikation.

DNA-Metabarcoding

DNA-Metabarcoding ermöglicht es, die ganze Artenvielfalt einer Probe zu erfassen. So kann damit zum Beispiel das Artenspektrum aus einer Umweltprobe oder das Nahrungsspektrum bestimmter Tierarten aus ihrem Kot identifiziert werden. Beim DNA-Metabarcoding werden zwei Technologien miteinander kombiniert: die DNA-Sequenzierung im Hochdurchsatz mittels Next Generation Sequencing (NGS) Plattformen und die Artidentifikation anhand von DNA-Barcodes. Die enormen Datenmengen die dabei generiert werden, bedingen umfangreiche bioinformatische Analysen. Zum Nachweis seltener Arten ist die Einsatzmöglichkeit dieser Methode beschränkt (hier eignet sich die diagnostische multiplex PCR besser), um die Biodiversität in einer Sammelprobe zu analysieren, ist sie jedoch das ideale Werkzeug.

1. Gewebe mehrerer Arten oder eine Sammelprobe (z.B. Faezes, Mageninhalt und dgl.) dient als Ausgangsmaterial.
2. DNA aller Organismen in der Probe extrahieren.
3. Ein bestimmter Genabschnitt der verschiedenen Organismen wird mittels allgemeiner oder speziell von uns entwickelter Sonden vervielfältigt.
4. Die DNA Sequenzen werden für jede Art separat gelesen, analysiert und mit einer Referenzdatenbanken verglichen um die Artenzusammensetzung in Ihrer Probe zu identifizieren.