DNA-Metabarcoding ermöglicht es, die ganze Artenvielfalt einer Probe zu erfassen. So kann damit zum Beispiel das Artenspektrum aus einer Umweltprobe oder das Nahrungsspektrum bestimmter Tierarten aus ihrem Kot identifiziert werden. Beim DNA-Metabarcoding werden zwei Technologien miteinander kombiniert: die DNA-Sequenzierung im Hochdurchsatz mittels Next Generation Sequencing (NGS) Plattformen und die Artidentifikation anhand von DNA-Barcodes. Die enormen Datenmengen die dabei generiert werden, bedingen umfangreiche bioinformatische Analysen. Zum Nachweis seltener Arten ist die Einsatzmöglichkeit dieser Methode beschränkt (hier eignet sich die diagnostische multiplex PCR besser), um die Biodiversität in einer Sammelprobe zu analysieren, ist sie jedoch das ideale Werkzeug.
- Gewebe mehrerer Arten oder eine Sammelprobe (z.B. Faezes, Mageninhalt und dgl.) dient als Ausgangsmaterial.
- DNA aller Organismen in der Probe extrahieren.
- Ein bestimmter Genabschnitt der verschiedenen Organismen wird mittels allgemeiner oder speziell von uns entwickelter Sonden vervielfältigt.
- Die DNA Sequenzen werden für jede Art separat gelesen, analysiert und mit einer Referenzdatenbanken verglichen um die Artenzusammensetzung in Ihrer Probe zu identifizieren.
Sie erhalten von uns:
- Eine Übersicht über den angewandten methodischen Ansatz.
- Die Rohdaten zu den Analysen.
- Die Ergebnisse der Identifikation des in Ihrer Probe enthaltenen Artenspektrums.
- Darüber hinaus stehen Ihnen unsere Spezialisten sowohl während als auch nach Abschluss der Analysen beratend zur Verfügung.
Falls Sie darüber hinaus noch zusätzliche Analysen wünschen, wenden Sie sich an uns.
Wir benötigen von Ihnen:
- Die Analyse erfolgt auf Basis der von Ihnen eingesandten Probe(n). Alternativ können auch bereits isolierte DNA-Extrakte verwendet werden.
- Sollten Sie Gewebematerial oder Sammelproben schicken, muss eine für DNA-Analysen geeignete Konservierung gewährleistet sein (z.B. in Ethanol oder gefroren).
- Bei Bedarf stellen wir Ihnen gerne Probenkits bzw. geeignete Protokolle zur Verfügung, damit Ihre Proben unser Labor in einem optimalen Zustand erreichen.
Entsprechend Ihrer Fragestellung können diese Anforderungen variieren. Für Details wenden Sie sich bitte an uns.
